E-Muhtıra Krizi 27 Nisan 2007 tarihli Genelkurmay açıklaması, “laikliğe yönelik tehditlere karşı ordunun taraf olduğu” mesajını vermişti. Bu bildiri, sivil–asker ilişkilerinde büyük bir kırılma yaratarak siyasette krize neden olmuştu. Büyükanıt, yayımlanan metnin “muhtıra değil, bilgilendirme” olduğunu söylese de, kamuoyu tarafından “e-muhtıra” olarak nitelendirildi. Siyasetin Akışı Değişti Dolmabahçe görüşmesinden hemen sonra Ergenekon operasyonları başladı, 28 Ağustos 2007’de Abdullah Gül Cumhurbaşkanı seçildi. Bu dönemde Türkiye’de güç dengeleri tamamen değişti. Ancak Dolmabahçe’de konuşulanlar hâlâ sır perdesiyle örtülü. Büyükanıt’ın Sessizliği Sağlık sorunları nedeniyle uzun süredir gözlerden uzak kalan Yaşar Büyükanıt, ölümüne kadar görüşmeyle ilgili tek kelime etmedi. Böylece Türkiye yakın tarihinin en gizemli buluşmalarından biri, onunla birlikte mezara gitti.